Lekarz nie ma jednak doświadczenia w ich stosowaniu. Albo też zdaje sobie sprawę, że leki, jeszcze nie dostatecznie przebadane, mogą kryć w sobie nieznane niebezpieczeństwa. Niemniej ważne niż pomóc choremu jest nie zaszkodzić mu (primum non nocere). Zupełnie inne trudności etyczne ma lekarz, który do kontrolowanej próby musi dobrać 2 grupy pacjentów: jednym daje dobrze wypróbowany dotychczasowy lek, a drugim nowy, podobno iepszy. W ten sposób pierwszym chorym odmawia się lepszego leku ale może się też zdarzyć, że tych drugich niepotrzebnie naraża na nieprzewidziane niebezpieczeństwo. Stosując tzw. placebo (środek obojętny naśladujący wyglądem lek czynny) z góry zakłada się, że połowa chorych nie będzie farmakologicznie leczona. Nawet jeśli pacjenci będą poinformowani, że w danej próbie stosować się będzie placebo i godzą się z tym, to jednak pozostaje poważny problem i odpowiedzialność lekarza za decyzję, do jakich leków i do jakich sytuacji chorobowych można metodę porównywania z placebo stosować, a do jakich już nie.

Kontrolowane próby kliniczne zyskują często dezaprobatę w społeczeństwie, które tak często wyraża opinię, że na człowieku nie wolno eksperymentować. Wiadomo, że zdarzały się przy tym nadużycia czasem z powodu braku rozwagi, a czasem nawet zbrodnie aż do ludobójstwa włącznie.

Szerzący się na świecie ruch obrony praw człowieka odegrał rolę i w tym zakresie. Coraz szerzej wymagane jest uzyskiwanie od chorych będących przedmiotem oceny leków pisemnego poświadczenia, że zostali szczegółowo objaśnieni i zgadzają się na warunki leczenia doświadczalnego. Takie postępowanie jest jednak często tylko pozornym rozwiązaniem sprawy ogromna większość chorych nie jest w stanie rozumieć szczegółowo swego stanu chorobowego i różnic we właściwościach leków, a niekiedy wręcz niehumanitarnym byłoby dla samej ścisłości informacji wyjawić im beznadziejność ich choroby.